L'arborescence Linux et le FHS

Un fichier de configuration a disparu après une mise à jour, un service écrit ses logs dans un endroit inattendu, un disque /var est plein sans raison évidente, ces situations sont quotidiennes en administration Linux. La réponse est presque toujours la même : savoir où Linux range chaque type de fichier.

Le Filesystem Hierarchy Standard (FHS) est la convention qui définit cette organisation. Pensez-y comme le plan d'un immeuble de bureaux : chaque étage a une fonction précise (accueil, archives, bureaux, local technique). Si vous connaissez le plan, vous trouvez immédiatement ce que vous cherchez.

Ce que vous allez apprendre

• Identifier le rôle de chaque zone fonctionnelle de l'arborescence (/etc/, /var/, /usr/, /run/…)
• Savoir où chercher configuration, journaux, binaires et données d'exécution
• Distinguer les particularités entre distributions (Debian/Ubuntu, RHEL/Rocky, Alpine)
• Diagnostiquer un problème en ciblant le bon répertoire
• Éviter les erreurs classiques de placement de fichiers

Complémentaire au guide Notions fondamentales

Le guide Notions fondamentales Linux présente le FHS en vue d'ensemble (FileTree annotée, 3 réflexes d'admin, mini-lab). Ici, on descend dans le détail de chaque zone, avec les commandes de vérification et les cas concrets d'administration.

Le réflexe admin : où chercher ?

Avant d'entrer dans le détail, voici la table de décision qu'un administrateur utilise au quotidien :

Vous cherchez…	Regardez dans…	Commande rapide
La configuration d'un service	/etc/	ls /etc/<service>/
Les journaux d'un service	/var/log/ ou journalctl	journalctl -xeu <service>
Un binaire ou une commande	/usr/bin/, /usr/sbin/	which <commande>
L'état d'exécution (PID, socket)	/run/	ls /run/<service>/
Les données persistantes d'un service	/var/lib/	ls /var/lib/<service>/
Un fichier temporaire	/tmp/ ou /var/tmp/	ls /tmp/
Les fichiers d'un utilisateur	/home/<utilisateur>/	ls -la /home/<user>/
Les fichiers de démarrage	/boot/	ls /boot/
Un périphérique (disque, partition)	/dev/	lsblk

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Zone par zone : le détail du FHS

/etc/, la configuration du système

C'est le répertoire le plus consulté par un administrateur. Chaque service installé y dépose sa configuration sous forme de fichiers texte éditables.

Sous-répertoires courants :

Chemin	Contenu
/etc/ssh/	Configuration du serveur et du client SSH (sshd_config, clés host)
/etc/systemd/	Surcharges locales des unités systemd
/etc/apt/ ou /etc/yum.repos.d/	Sources de paquets (Debian/Ubuntu ou RHEL/Rocky)
/etc/netplan/ ou /etc/NetworkManager/	Configuration réseau persistante
/etc/fstab	Table des montages persistants
/etc/passwd, /etc/shadow, /etc/group	Comptes utilisateurs et groupes
/etc/sudoers, /etc/sudoers.d/	Règles de délégation de privilèges
/etc/logrotate.d/	Règles de rotation des journaux
/etc/crontab, /etc/cron.d/	Tâches planifiées système

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# Lister les sous-répertoires de /etc pour voir les services configurés
ls -d /etc/*/

Règle d'or

Ne modifiez jamais un fichier directement dans /usr/lib/systemd/ ou /usr/share/. Copiez-le dans /etc/ (ex : /etc/systemd/system/) pour créer une surcharge locale qui survivra aux mises à jour.

Guides associés : Utilisateurs et groupes, sudo, Montage persistant, systemd.

/var/, les données variables

/var/ stocke tout ce qui change au fil du temps : journaux, caches, files d'attente, bases de données de services.

Chemin	Contenu	Pourquoi c'est important
/var/log/	Journaux système et applicatifs	Premier endroit à consulter lors d'un incident
/var/lib/	État persistant des services (BDD, paquets)	Ne pas supprimer sans comprendre
/var/cache/	Caches des gestionnaires de paquets	Nettoyable pour récupérer de l'espace
/var/spool/	Files d'attente (impression, mail, cron)	Rarement modifié manuellement
/var/tmp/	Fichiers temporaires persistants entre reboots	Plus durable que /tmp/

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Focus : /var/log/, les journaux

C'est la mine d'or du diagnostic. Le contenu varie selon la distribution :

Debian / Ubuntu

Fichier	Contenu
/var/log/syslog	Messages système généraux
/var/log/auth.log	Connexions, authentification, sudo
/var/log/dpkg.log	Installations et mises à jour APT
/var/log/kern.log	Messages du noyau
/var/log/apache2/	Logs Apache (si installé)

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RHEL / Rocky / Fedora

Fichier	Contenu
/var/log/messages	Messages système généraux
/var/log/secure	Connexions, authentification, sudo
/var/log/dnf.log	Installations et mises à jour DNF
/var/log/boot.log	Messages de démarrage
/var/log/httpd/	Logs Apache (si installé)

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/var peut remplir un disque

Sur un serveur en production, /var/log/ peut croître rapidement. Si /var/ est sur la même partition que /, le système entier peut se bloquer. C'est pourquoi en production, on place souvent /var/ sur une partition séparée. Surveillez avec df -h /var.

# Voir l'espace occupé par les journaux
du -sh /var/log/

# Vérifier l'espace restant sur la partition
df -h /var

# Lire les dernières entrées du journal système
journalctl -n 50 --no-pager

Guides associés : Journaux avec journalctl, Rotation avec logrotate, Contrôler l'espace disque.

/usr/, binaires, bibliothèques et documentation

/usr/ contient la majorité des programmes et bibliothèques installés par le gestionnaire de paquets. C'est le cœur applicatif du système.

Chemin	Contenu
/usr/bin/	Commandes utilisateur (ls, grep, systemctl, vim…)
/usr/sbin/	Commandes d'administration (fdisk, useradd, iptables…)
/usr/lib/	Bibliothèques partagées (.so) et fichiers de support
/usr/lib/systemd/	Unités systemd fournies par les paquets (ne pas modifier ici)
/usr/share/	Documentation, fichiers indépendants de l'architecture
/usr/local/	Logiciels installés manuellement (hors gestionnaire de paquets)

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/bin et /sbin : la fusion usr-merge

Historiquement, /bin/ et /sbin/ étaient des répertoires séparés pour les binaires essentiels au boot. Sur les distributions modernes (Debian 12+, Ubuntu 22.04+, RHEL 9+, Fedora, Arch), ces chemins sont devenus des liens symboliques vers /usr/bin/ et /usr/sbin/. C'est le usr-merge. En pratique, ls /bin et ls /usr/bin affichent le même contenu.

# Vérifier que /bin est bien un lien vers /usr/bin
ls -ld /bin /sbin

# Trouver où se situe une commande
which systemctl
type -a ls

# Voir les bibliothèques utilisées par un programme
ldd /usr/bin/ls

/opt/ et /usr/local/ : logiciels hors paquets

Ces deux répertoires servent aux logiciels installés en dehors du gestionnaire de paquets, mais avec des conventions différentes :

Répertoire	Usage	Exemple
/opt/<éditeur>/	Application tierce complète, auto-contenue	/opt/google/chrome/, /opt/jetbrains/
/usr/local/bin/	Binaire compilé ou téléchargé manuellement	Script maison, outil Go/Rust compilé

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Guide associé : Gérer les paquets.

/run/, /proc/, /sys/, données d'exécution volatiles

Ces trois répertoires ne sont pas sur disque. Leur contenu est généré dynamiquement par le noyau et disparaît au reboot.

Répertoire	Support	Contenu
/run/	tmpfs	PID files, sockets, verrous, état runtime des services
/proc/	procfs	Vue virtuelle sur les processus et le noyau
/sys/	sysfs	Vue virtuelle sur le matériel et les pilotes

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# Voir le PID d'un service via /run
cat /run/sshd.pid 2>/dev/null || echo "Fichier PID absent (service arrêté ou géré par systemd)"

# Lire des informations sur le CPU via /proc
cat /proc/cpuinfo | head -20

# Voir la mémoire totale
cat /proc/meminfo | grep MemTotal

# Lire un paramètre noyau via /sys
cat /sys/block/sda/queue/scheduler 2>/dev/null

Ne jamais sauvegarder /proc et /sys

Ces pseudo-systèmes de fichiers sont virtuels. Les inclure dans un tar ou un rsync de la racine provoquera des erreurs ou des boucles infinies. Excluez-les toujours de vos sauvegardes.

Guide associé : Gérer les processus.

/home/, /root/, /srv/, données utilisateur et services

Répertoire	Propriétaire	Contenu
/home/<user>/	L'utilisateur	Fichiers personnels, config locale (~/.bashrc, ~/.ssh/)
/root/	root	Le home de root (ne pas confondre avec /)
/srv/	Services	Données servies par la machine (sites web, dépôts, partages)

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# Voir l'espace occupé par chaque utilisateur
du -sh /home/*/

# Vérifier les droits du home de root
ls -ld /root/

Bonne pratique : séparer /home sur une partition

Sur un serveur multi-utilisateurs, monter /home/ sur une partition séparée permet de réinstaller le système sans perdre les données utilisateur.

Guide associé : Utilisateurs et groupes.

/dev/, /mnt/, /media/, périphériques et montage

Répertoire	Contenu
/dev/	Fichiers spéciaux représentant les périphériques (disques, terminaux, null, random)
/mnt/	Point de montage temporaire pour l'administrateur
/media/	Point de montage automatique pour les supports amovibles (USB, CD)

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Fichiers /dev/ courants :

Périphérique	Représente
/dev/sda, /dev/sdb	Disques SATA/SAS
/dev/nvme0n1	Disque NVMe
/dev/vda	Disque virtio (VM KVM)
/dev/null	Puits sans fond (redirigez-y ce que vous voulez ignorer)
/dev/zero	Source infinie de zéros
/dev/random, /dev/urandom	Générateurs de nombres aléatoires
/dev/tty*, /dev/pts/*	Terminaux

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# Lister les disques et partitions
lsblk

# Voir les périphériques bloc disponibles
ls -l /dev/sd* /dev/nvme* /dev/vd* 2>/dev/null

Guides associés : Vue d'ensemble du stockage, Identifier les disques, Montage persistant.

/boot/, fichiers de démarrage

/boot/ contient le noyau Linux, l'initramfs et la configuration du chargeur de démarrage. C'est un répertoire critique, une modification maladroite peut empêcher le système de démarrer.

Fichier	Rôle
vmlinuz-*	Noyau Linux compressé
initrd.img-* / initramfs-*	Image du système de fichiers initial (pilotes, LVM, chiffrement)
grub/	Configuration du chargeur GRUB2
config-*	Options de compilation du noyau
System.map-*	Table des symboles du noyau (debug)

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# Voir les noyaux installés
ls -lh /boot/vmlinuz-*

# Voir l'espace occupé par /boot
df -h /boot

Ne purgez pas /boot à la légère

Si /boot est plein (souvent sur des systèmes avec une petite partition /boot), ne supprimez que les anciens noyaux via le gestionnaire de paquets (apt autoremove ou dnf remove), jamais avec rm directement.

Guide associé : Démarrage et reboot.

/tmp/ et /var/tmp/, fichiers temporaires

Répertoire	Durée de vie	Nettoyage
/tmp/	Jusqu'au prochain reboot (souvent tmpfs en RAM)	Automatique au reboot, ou par systemd-tmpfiles
/var/tmp/	Persistant entre reboots	Nettoyé périodiquement (30 jours par défaut)

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# Vérifier si /tmp est en RAM (tmpfs)
df -Th /tmp

# Voir les fichiers temporaires les plus volumineux
du -sh /tmp/* 2>/dev/null | sort -rh | head -10

Scripts et fichiers temporaires

Pour un script, utilisez mktemp plutôt que de créer manuellement un fichier dans /tmp/. Cela évite les collisions de noms et les problèmes de sécurité (attaque par lien symbolique).

Différences entre distributions

Le FHS est un standard, mais chaque famille de distributions a ses particularités :

Aspect	Debian / Ubuntu	RHEL / Rocky / Fedora	Alpine
Journal système	/var/log/syslog	/var/log/messages	/var/log/messages
Logs d'authentification	/var/log/auth.log	/var/log/secure	/var/log/messages
Logs paquets	/var/log/dpkg.log	/var/log/dnf.log	—
Config réseau	/etc/netplan/	/etc/NetworkManager/	/etc/network/
Config paquets	/etc/apt/	/etc/yum.repos.d/	/etc/apk/
Init (PID 1)	systemd	systemd	OpenRC
usr-merge	✅ (Debian 12+)	✅ (RHEL 9+)	❌ (séparé)

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Mini-lab : explorer le FHS sur un système réel

Ces commandes ne modifient rien. Elles vous aident à vérifier votre compréhension.

1. Repérer les zones fonctionnelles

   # Voir les répertoires racine
   ls -ld /etc /var /usr /run /proc /sys /boot /tmp /home /dev /srv /opt

2. Identifier les fichiers de configuration d'un service

   # Exemple avec SSH
   ls -la /etc/ssh/
   cat /etc/ssh/sshd_config | head -30

3. Trouver où un service stocke ses données

   # Données persistantes
   ls /var/lib/ | head -20
   
   # Journaux
   ls /var/log/ | head -20

4. Vérifier les systèmes de fichiers virtuels

   # /proc et /sys ne sont pas sur disque
   df -Th /proc /sys /run /tmp

5. Confirmer le usr-merge

   # Sur une distribution moderne, /bin est un lien
   ls -ld /bin /sbin /lib

Dépannage

Symptôme	Cause probable	Solution
No space left on device sur /var	Journaux ou caches trop volumineux	du -sh /var/log/* | sort -rh, puis journalctl --vacuum-size=500M ou apt clean
Fichier de config modifié mais pas pris en compte	Édité dans /usr/lib/systemd/ au lieu de /etc/systemd/system/	Créer une surcharge dans /etc/ et relancer systemctl daemon-reload
Commande introuvable après installation manuelle	Binaire placé hors du PATH	Déplacer vers /usr/local/bin/ ou ajouter le chemin au PATH
/boot plein, impossible de mettre à jour le noyau	Anciens noyaux non purgés	apt autoremove (Debian) ou dnf remove --oldinstallonly (RHEL)
Fichier temporaire disparu après reboot	Placé dans /tmp/ (tmpfs, vidé au reboot)	Utiliser /var/tmp/ pour les fichiers qui doivent survivre au reboot
Permission denied sur un fichier dans /run/	Fichier PID/socket appartenant à un autre service	Vérifier le propriétaire avec ls -la /run/<fichier>, ne pas modifier les droits manuellement

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À retenir

• Le FHS organise Linux en zones fonctionnelles : /etc/ pour la configuration, /var/ pour les données variables, /usr/ pour les binaires, /run/ pour l'exécution volatile.
• Trois réflexes d'administration : config → /etc/, problème → /var/log/ ou journalctl, runtime → /run/.
• Ne modifiez jamais les fichiers dans /usr/lib/ : créez une surcharge dans /etc/.
• /proc/, /sys/ et /run/ sont virtuels, ne les incluez pas dans vos sauvegardes.
• /tmp/ est vidé au reboot. Utilisez /var/tmp/ pour les fichiers temporaires persistants.
• Les journaux système varient selon la distribution : syslog et auth.log sur Debian/Ubuntu, messages et secure sur RHEL/Rocky.

Prochaines étapes

Naviguer et gérer des fichiers Se déplacer dans l'arborescence, créer, copier et supprimer des fichiers.

Vue d'ensemble du stockage Linux Blocs, systèmes de fichiers, LVM et montage, le panorama complet.

Lire les journaux avec journalctl Diagnostiquer un service en explorant les journaux système.

Monter un FS et le rendre persistant Comprendre /etc/fstab et rendre les montages durables.

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