Arborescence Linux : à quoi sert chaque répertoire

Un fichier de configuration a disparu après une mise à jour, un service écrit ses logs dans un endroit inattendu, un disque /var est plein sans raison évidente, ces situations sont quotidiennes en administration Linux. La réponse est presque toujours la même : savoir où Linux range chaque type de fichier.

Le Filesystem Hierarchy Standard (FHS) est la convention qui définit cette organisation. Pensez-y comme le plan d'un immeuble de bureaux : chaque étage a une fonction précise (accueil, archives, bureaux, local technique). Si vous connaissez le plan, vous trouvez immédiatement ce que vous cherchez.

Ce que vous allez apprendre

• Identifier le rôle de chaque zone fonctionnelle de l'arborescence (/etc/, /var/, /usr/, /run/…)
• Savoir où chercher configuration, journaux, binaires et données d'exécution
• Distinguer les particularités entre distributions (Debian/Ubuntu, RHEL/Rocky, Alpine)
• Diagnostiquer un problème en ciblant le bon répertoire
• Éviter les erreurs classiques de placement de fichiers

Deux pages traitent du FHS, et elles ne font pas la même chose. Le guide Notions fondamentales Linux en donne la vue d'ensemble : l'arborescence annotée, trois réflexes d'administration, un mini-lab. Celle-ci descend dans le détail de chaque zone, avec les commandes de vérification et les cas d'administration qui s'y rattachent.

Le réflexe admin : où chercher ?

Avant d'entrer dans le détail, voici la table de décision qu'un administrateur utilise au quotidien :

Vous cherchez…	Regardez dans…	Commande rapide
La configuration d'un service	/etc/	ls /etc/<service>/
Les journaux d'un service	/var/log/ ou journalctl	journalctl -xeu <service>
Un binaire ou une commande	/usr/bin/, /usr/sbin/	which <commande>
L'état d'exécution (PID, socket)	/run/	ls /run/<service>/
Les données persistantes d'un service	/var/lib/	ls /var/lib/<service>/
Un fichier temporaire	/tmp/ ou /var/tmp/	ls /tmp/
Les fichiers d'un utilisateur	/home/<utilisateur>/	ls -la /home/<user>/
Les fichiers de démarrage	/boot/	ls /boot/
Un périphérique (disque, partition)	/dev/	lsblk

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Zone par zone : le détail du FHS

Le FHS répartit les fichiers selon deux critères : peuvent-ils être partagés entre machines, et sont-ils modifiables en fonctionnement. C'est ce classement qui explique la présence de répertoires en apparence redondants.

/etc/, la configuration du système

C'est le répertoire le plus consulté par un administrateur. Chaque service installé y dépose sa configuration sous forme de fichiers texte éditables.

Sous-répertoires courants :

Chemin	Contenu
/etc/ssh/	Configuration du serveur et du client SSH (sshd_config, clés host)
/etc/systemd/	Surcharges locales des unités systemd
/etc/apt/ ou /etc/yum.repos.d/	Sources de paquets (Debian/Ubuntu ou RHEL/Rocky)
/etc/netplan/ ou /etc/NetworkManager/	Configuration réseau persistante
/etc/fstab	Table des montages persistants
/etc/passwd, /etc/shadow, /etc/group	Comptes utilisateurs et groupes
/etc/sudoers, /etc/sudoers.d/	Règles de délégation de privilèges
/etc/logrotate.d/	Règles de rotation des journaux
/etc/crontab, /etc/cron.d/	Tâches planifiées système

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# Lister les sous-répertoires de /etc pour voir les services configurés
ls -d /etc/*/

De cette séparation découle la règle qui gouverne toute la configuration d'un système Linux : ne modifiez jamais un fichier dans /usr/lib/systemd/ ni dans /usr/share/. Ces chemins appartiennent au gestionnaire de paquets, qui réécrit leur contenu à la première mise à jour et efface vos changements sans prévenir. Copiez le fichier dans /etc/, par exemple dans /etc/systemd/system/, pour créer une surcharge locale : c'est elle qui gagne, et elle survit aux mises à jour.

Guides associés : Utilisateurs et groupes, sudo, Montage persistant, systemd.

/var/, les données variables

/var/ stocke tout ce qui change au fil du temps : journaux, caches, files d'attente, bases de données de services.

Chemin	Contenu	Pourquoi c'est important
/var/log/	Journaux système et applicatifs	Premier endroit à consulter lors d'un incident
/var/lib/	État persistant des services (BDD, paquets)	Ne pas supprimer sans comprendre
/var/cache/	Caches des gestionnaires de paquets	Nettoyable pour récupérer de l'espace
/var/spool/	Files d'attente (impression, mail, cron)	Rarement modifié manuellement
/var/tmp/	Fichiers temporaires persistants entre reboots	Plus durable que /tmp/

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Focus : /var/log/, les journaux

C'est la mine d'or du diagnostic. Le contenu varie selon la distribution :

Debian / Ubuntu

Fichier	Contenu
/var/log/syslog	Messages système généraux
/var/log/auth.log	Connexions, authentification, sudo
/var/log/dpkg.log	Installations et mises à jour APT
/var/log/kern.log	Messages du noyau
/var/log/apache2/	Logs Apache (si installé)

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RHEL / Rocky / Fedora

Fichier	Contenu
/var/log/messages	Messages système généraux
/var/log/secure	Connexions, authentification, sudo
/var/log/dnf.log	Installations et mises à jour DNF
/var/log/boot.log	Messages de démarrage
/var/log/httpd/	Logs Apache (si installé)

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Cette croissance permanente a une conséquence qu'il vaut mieux anticiper : sur un serveur en production, /var/log/ grossit vite, et si /var/ partage la partition de /, un disque plein bloque le système entier, pas seulement la journalisation. D'où l'usage répandu de placer /var/ sur une partition séparée, et le réflexe de surveillance qui va avec, df -h /var.

# Voir l'espace occupé par les journaux
du -sh /var/log/

# Vérifier l'espace restant sur la partition
df -h /var

# Lire les dernières entrées du journal système
journalctl -n 50 --no-pager

Guides associés : Journaux avec journalctl, Rotation avec logrotate, Contrôler l'espace disque.

/usr/, binaires, bibliothèques et documentation

/usr/ contient la majorité des programmes et bibliothèques installés par le gestionnaire de paquets. C'est le cœur applicatif du système.

Chemin	Contenu
/usr/bin/	Commandes utilisateur (ls, grep, systemctl, vim…)
/usr/sbin/	Commandes d'administration (fdisk, useradd, iptables…)
/usr/lib/	Bibliothèques partagées (.so) et fichiers de support
/usr/lib/systemd/	Unités systemd fournies par les paquets (ne pas modifier ici)
/usr/share/	Documentation, fichiers indépendants de l'architecture
/usr/local/	Logiciels installés manuellement (hors gestionnaire de paquets)

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Un point d'histoire explique ce que vous verrez sur une machine récente. /bin/ et /sbin/ étaient autrefois des répertoires distincts, réservés aux binaires essentiels au démarrage. Sur Debian 12+, Ubuntu 22.04+, RHEL 9+, Fedora et Arch, ce sont désormais des liens symboliques vers /usr/bin/ et /usr/sbin/ : c'est la fusion dite usr-merge. En pratique, ls /bin et ls /usr/bin affichent le même contenu.

La fusion touche en réalité 4 répertoires, pas deux : /lib/ et /lib64/ sont eux aussi des liens vers usr/lib/ et usr/lib64/. Une seconde vague, plus discrète, a visé /var : /var/run et /var/lock pointent maintenant vers /run et /run/lock. Le savoir évite une confusion courante, car on rencontre encore /var/run/quelquechose.pid dans quantité de scripts et de documentations : ces chemins fonctionnent toujours, mais ne désignent plus l'endroit qu'on croit.

La boucle ci-dessous établit l'état réel de votre machine en une fois :

for d in /bin /sbin /lib /lib64 /var/run /var/lock; do
  printf '%-11s -> %s\n' "$d" "$(readlink "$d" || echo '(pas un lien)')"
done

# Vérifier que /bin est bien un lien vers /usr/bin
ls -ld /bin /sbin

# Trouver où se situe une commande
which systemctl
type -a ls

# Voir les bibliothèques utilisées par un programme
ldd /usr/bin/ls

/opt/ et /usr/local/ : logiciels hors paquets

Ces deux répertoires servent aux logiciels installés en dehors du gestionnaire de paquets, mais avec des conventions différentes :

Répertoire	Usage	Exemple
/opt/<éditeur>/	Application tierce complète, auto-contenue	/opt/google/chrome/, /opt/jetbrains/
/usr/local/bin/	Binaire compilé ou téléchargé manuellement	Script maison, outil Go/Rust compilé

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Guide associé : Gérer les paquets.

/run/, /proc/, /sys/, données d'exécution volatiles

Ces trois répertoires ne sont pas sur disque. Leur contenu est généré dynamiquement par le noyau et disparaît au reboot.

Répertoire	Support	Contenu
/run/	tmpfs	PID files, sockets, verrous, état runtime des services
/proc/	procfs	Vue virtuelle sur les processus et le noyau
/sys/	sysfs	Vue virtuelle sur le matériel et les pilotes

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# Voir le PID d'un service via /run
cat /run/sshd.pid 2>/dev/null || echo "Fichier PID absent (service arrêté ou géré par systemd)"

# Lire des informations sur le CPU via /proc
cat /proc/cpuinfo | head -20

# Voir la mémoire totale
cat /proc/meminfo | grep MemTotal

# Lire un paramètre noyau via /sys
cat /sys/block/sda/queue/scheduler 2>/dev/null

Ne jamais sauvegarder /proc et /sys

Ces pseudo-systèmes de fichiers sont virtuels. Les inclure dans un tar ou un rsync de la racine provoquera des erreurs ou des boucles infinies. Excluez-les toujours de vos sauvegardes.

Guide associé : Gérer les processus.

/home/, /root/, /srv/, données utilisateur et services

Répertoire	Propriétaire	Contenu
/home/<user>/	L'utilisateur	Fichiers personnels, config locale (~/.bashrc, ~/.ssh/)
/root/	root	Le home de root (ne pas confondre avec /)
/srv/	Services	Données servies par la machine (sites web, dépôts, partages)

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# Voir l'espace occupé par chaque utilisateur
du -sh /home/*/

# Vérifier les droits du home de root
ls -ld /root/

Cette séparation des rôles se traduit souvent par une décision de partitionnement. Sur un serveur multi-utilisateurs, monter /home/ sur une partition séparée permet de réinstaller le système sans toucher aux données des comptes : la réinstallation écrase /, /home est simplement remonté ensuite.

Guide associé : Utilisateurs et groupes.

/dev/, /mnt/, /media/, périphériques et montage

Répertoire	Contenu
/dev/	Fichiers spéciaux représentant les périphériques (disques, terminaux, null, random)
/mnt/	Point de montage temporaire pour l'administrateur
/media/	Point de montage automatique pour les supports amovibles (USB, CD)

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Fichiers /dev/ courants :

Périphérique	Représente
/dev/sda, /dev/sdb	Disques SATA/SAS
/dev/nvme0n1	Disque NVMe
/dev/vda	Disque virtio (VM KVM)
/dev/null	Puits sans fond (redirigez-y ce que vous voulez ignorer)
/dev/zero	Source infinie de zéros
/dev/random, /dev/urandom	Générateurs de nombres aléatoires
/dev/tty*, /dev/pts/*	Terminaux

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# Lister les disques et partitions
lsblk

# Voir les périphériques bloc disponibles
ls -l /dev/sd* /dev/nvme* /dev/vd* 2>/dev/null

Guides associés : Vue d'ensemble du stockage, Identifier les disques, Montage persistant.

/boot/, fichiers de démarrage

/boot/ contient le noyau Linux, l'initramfs et la configuration du chargeur de démarrage. C'est un répertoire critique, une modification maladroite peut empêcher le système de démarrer.

Fichier	Rôle
vmlinuz-*	Noyau Linux compressé
initrd.img-* / initramfs-*	Image du système de fichiers initial (pilotes, LVM, chiffrement)
grub/	Configuration du chargeur GRUB2
config-*	Options de compilation du noyau
System.map-*	Table des symboles du noyau (debug)

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# Voir les noyaux installés
ls -lh /boot/vmlinuz-*

# Voir l'espace occupé par /boot
df -h /boot

Ne purgez pas /boot à la légère

Si /boot est plein (souvent sur des systèmes avec une petite partition /boot), ne supprimez que les anciens noyaux via le gestionnaire de paquets (apt autoremove ou dnf remove), jamais avec rm directement.

Guide associé : Démarrage et reboot.

/tmp/ et /var/tmp/, fichiers temporaires

Répertoire	Durée de vie	Nettoyage
/tmp/	Jusqu'au prochain reboot	Par systemd-tmpfiles au démarrage
/var/tmp/	Persistant entre reboots	Nettoyé périodiquement (30 jours par défaut)

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# Sur quel système de fichiers /tmp se trouve-t-il vraiment ?
df -Th /tmp

# Voir les fichiers temporaires les plus volumineux
du -sh /tmp/* 2>/dev/null | sort -rh | head -10

Une croyance tenace mérite d'être levée ici, parce qu'elle fait mal prévoir le comportement d'une machine inconnue. L'explication qu'on lit partout, « /tmp est un disque en RAM, donc il se vide au redémarrage », est fausse sur beaucoup de distributions. Sur une Ubuntu 24.04, df -Th /tmp répond :

Filesystem     Type  Size  Used Avail Use% Mounted on
/dev/vda1      ext4   14G  2.1G   12G  16% /

C'est la partition racine en ext4, et /tmp n'est même pas un point de montage distinct. Fedora et les Arch récentes, elles, montent bien un tmpfs : d'où la confusion.

Ce qui vide réellement /tmp au démarrage, c'est systemd-tmpfiles. La règle vit dans /usr/lib/tmpfiles.d/tmp.conf :

D /tmp 1777 root root 30d

et l'unité qui l'applique tourne avec l'option --boot :

systemctl cat systemd-tmpfiles-setup.service | grep ExecStart

ExecStart=systemd-tmpfiles --create --remove --boot --exclude-prefix=/dev

La distinction n'est pas académique : c'est l'explication qui permet de prévoir le comportement d'une machine que vous ne connaissez pas. Le 30d de la règle, par exemple, signifie qu'un /tmp non-tmpfs voit aussi ses vieux fichiers purgés en cours de fonctionnement, ce qu'un « disque en RAM » n'expliquerait pas.

Dernier point sur ce répertoire, à l'usage des scripts : créez vos fichiers temporaires avec mktemp plutôt qu'à la main. La commande tire un nom unique, ce qui écarte d'un coup les collisions entre deux exécutions simultanées et l'attaque par lien symbolique, où un tiers place un lien à l'emplacement que votre script s'apprête à écrire.

Différences entre distributions

Le FHS est un standard, mais chaque famille de distributions a ses particularités :

Aspect	Debian / Ubuntu	RHEL / Rocky / Fedora	Alpine
Journal système	/var/log/syslog	/var/log/messages	/var/log/messages
Logs d'authentification	/var/log/auth.log	/var/log/secure	/var/log/messages
Logs paquets	/var/log/dpkg.log	/var/log/dnf.log	aucun
Config réseau	/etc/netplan/	/etc/NetworkManager/	/etc/network/
Config paquets	/etc/apt/	/etc/yum.repos.d/	/etc/apk/
Init (PID 1)	systemd	systemd	OpenRC
usr-merge	Oui, (Debian 12+)	Oui, (RHEL 9+)	Non, (séparé)

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Mini-lab : explorer le FHS sur un système réel

Ces commandes ne modifient rien. Elles vous aident à vérifier votre compréhension.

1. Repérer les zones fonctionnelles

   # Voir les répertoires racine
   ls -ld /etc /var /usr /run /proc /sys /boot /tmp /home /dev /srv /opt

2. Identifier les fichiers de configuration d'un service

   # Exemple avec SSH
   ls -la /etc/ssh/
   cat /etc/ssh/sshd_config | head -30

3. Trouver où un service stocke ses données

   # Données persistantes
   ls /var/lib/ | head -20
   
   # Journaux
   ls /var/log/ | head -20

4. Vérifier les systèmes de fichiers virtuels

   # /proc et /sys ne sont pas sur disque
   df -Th /proc /sys /run /tmp

5. Confirmer le usr-merge

   # Sur une distribution moderne, /bin est un lien
   ls -ld /bin /sbin /lib

Dépannage

Les 6 symptômes ci-dessous sont ceux qu'une mauvaise lecture de l'arborescence produit le plus souvent. Ils se reconnaissent à un point commun : le message d'erreur ne nomme jamais le répertoire fautif. Lisez la colonne de gauche comme ce que vous voyez à l'écran, celle du milieu comme l'hypothèse à vérifier en premier, et la dernière comme la commande qui tranche.

Symptôme	Cause probable	Solution
No space left on device sur /var	Journaux ou caches trop volumineux	du -sh /var/log/* | sort -rh, puis journalctl --vacuum-size=500M ou apt clean
Fichier de config modifié mais pas pris en compte	Édité dans /usr/lib/systemd/ au lieu de /etc/systemd/system/	Créer une surcharge dans /etc/ et relancer systemctl daemon-reload
Commande introuvable après installation manuelle	Binaire placé hors du PATH	Déplacer vers /usr/local/bin/ ou ajouter le chemin au PATH
/boot plein, impossible de mettre à jour le noyau	Anciens noyaux non purgés	apt autoremove (Debian) ou dnf remove --oldinstallonly (RHEL)
Fichier temporaire disparu après reboot	Placé dans /tmp/, que systemd-tmpfiles vide au démarrage	Utiliser /var/tmp/ pour les fichiers qui doivent survivre au reboot
Permission denied sur un fichier dans /run/	Fichier PID/socket appartenant à un autre service	Vérifier le propriétaire avec ls -la /run/<fichier>, ne pas modifier les droits manuellement

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Mettre en pratique

Une carte ne remplace pas le terrain : l'arborescence se mémorise en la parcourant. Dans un shell jetable, vous explorez les zones du FHS, retrouvez une configuration dans /etc, un journal dans /var/log et un fichier volatil dans /run ; la validation compare vos réponses à la sortie attendue.

Lab pratique

Explorer l'arborescence FHS

$ dsoxlab run l1-linux-filesystem

Environnement : Shell·Durée : ~20 min

Validé : la sortie produite est comparée au résultat attendu.

Première fois ? Qu'est-ce que dsoxlab et comment l'installer

dsoxlab est la ligne de commande qui prépare un environnement jetable (un shell isolé ou une VM), déroule le scénario du lab, puis vérifie l'état réel du système et calcule un score. Rien n'est installé ni cassé sur votre poste de travail.

Installer la CLI et brancher le catalogue, une seule fois :

uv tool install dsoxlab   # ou : pipx install dsoxlab
dsoxlab catalog add https://github.com/stephrobert/linux-dsoxlab-training

Lancer ce lab, puis valider votre travail :

dsoxlab run l1-linux-filesystem
dsoxlab check l1-linux-filesystem

Voir tous les labs : dsoxlab list-labs. Suivre sa progression : dsoxlab progress. Le guide complet de dsoxlab détaille l'installation, le calcul du score et les pièges.

Contrôle de connaissances

Vérifiez que l'essentiel de ce guide est acquis. Les questions portent uniquement sur ce qui vient d'être expliqué ici.

Contrôle de connaissances

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6 questions

6 min.

70% requis

Informations

• Le chronomètre démarre au clic sur Démarrer
• Questions à choix multiples, vrai/faux et réponses courtes
• Vous pouvez naviguer entre les questions
• Les résultats détaillés sont affichés à la fin

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À retenir

• Le FHS organise Linux en zones fonctionnelles : /etc/ pour la configuration, /var/ pour les données variables, /usr/ pour les binaires, /run/ pour l'exécution volatile.
• Trois réflexes d'administration : config → /etc/, problème → /var/log/ ou journalctl, runtime → /run/.
• Ne modifiez jamais les fichiers dans /usr/lib/ : créez une surcharge dans /etc/.
• /proc/, /sys/ et /run/ sont virtuels, ne les incluez pas dans vos sauvegardes.
• /tmp/ est vidé au reboot. Utilisez /var/tmp/ pour les fichiers temporaires persistants.
• Les journaux système varient selon la distribution : syslog et auth.log sur Debian/Ubuntu, messages et secure sur RHEL/Rocky.

Pour aller plus loin

• Vue d'ensemble du stockage Linux : Blocs, systèmes de fichiers, LVM et montage, le panorama complet.
• Lire les journaux avec journalctl : Diagnostiquer un service en explorant les journaux système.
• Monter un FS et le rendre persistant : Comprendre /etc/fstab et rendre les montages durables.

FAQ : Questions Fréquentes

Ces questions reviennent chez qui découvre l'arborescence, et portent sur les confusions les plus coûteuses : la différence entre /root et la racine /, l'endroit où déposer un logiciel installé à la main, et ce qu'il est prudent de supprimer pour libérer de l'espace.

Qu'est-ce que le système de fichiers Linux ?

Le système de fichiers Linux est la structure qui permet d'organiser, stocker et gérer les données sur un serveur ou poste de travail. Il repose sur une arborescence hiérarchique qui commence à la racine '/', regroupant tous les fichiers et répertoires de manière centralisée.

Quels sont les principaux répertoires système sous Linux ?

Les principaux répertoires incluent : /bin (commandes essentielles), /boot (fichiers de démarrage), /etc (configuration), /home (dossiers utilisateurs), /var (journaux), /usr (applications utilisateur), /tmp (fichiers temporaires) et /proc (informations système en temps réel).

Quel est le rôle du répertoire /var/log ?

Le répertoire /var/log contient les fichiers journaux (logs) du système, qui enregistrent des informations sur le fonctionnement, les erreurs et les événements du système. Ces fichiers sont essentiels pour la surveillance et le dépannage.

Quelle est la différence entre /bin et /usr/bin ?

Le répertoire /bin contient les commandes essentielles nécessaires au démarrage et à la réparation du système, tandis que /usr/bin contient la majorité des autres applications utilisateur qui ne sont pas critiques pour le démarrage.

À quoi sert le répertoire /proc ?

Le répertoire /proc est un système de fichiers virtuel qui fournit des informations en temps réel sur les processus en cours et d'autres données du noyau. C'est un outil précieux pour les administrateurs système.

Que sont les attributs spéciaux (setuid, setgid, sticky bit) ?

Les attributs spéciaux permettent de modifier le comportement des fichiers et répertoires : setuid permet à un fichier de s'exécuter avec les privilèges de son propriétaire, setgid force les nouveaux fichiers à hériter du groupe parent, et le sticky bit protège les fichiers dans un répertoire partagé (ex : /tmp).

Comment utiliser chmod en mode symbolique ?

Le mode symbolique permet de modifier les permissions avec des lettres et symboles. Par exemple : 'chmod u+x fichier' ajoute le droit d'exécution pour le propriétaire, ou 'chmod go-w fichier' retire le droit d'écriture au groupe et aux autres.

Comment savoir qui est propriétaire d'un fichier ?

Vous pouvez utiliser la commande 'ls -l' pour afficher les fichiers avec leur propriétaire et leur groupe. La sortie indique clairement quel utilisateur possède chaque fichier.

Quelles commandes permettent de gérer les groupes d'utilisateurs ?

Les commandes pour gérer les groupes incluent : 'groupadd' pour créer un groupe, 'groupmod' pour modifier un groupe, 'groupdel' pour supprimer un groupe, et 'usermod -aG' pour ajouter un utilisateur à un groupe existant.

Comment fonctionne l'héritage des permissions dans les répertoires ?

Avec le bit setgid activé sur un répertoire, tous les fichiers créés à l'intérieur héritent automatiquement du groupe du répertoire, ce qui facilite la gestion des projets collaboratifs.

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📖 Voir la documentation →