L'arborescence Linux et le FHS

Un fichier de configuration a disparu après une mise à jour, un service écrit ses logs dans un endroit inattendu, un disque /var est plein sans raison évidente — ces situations sont quotidiennes en administration Linux. La réponse est presque toujours la même : savoir où Linux range chaque type de fichier.

Le Filesystem Hierarchy Standard (FHS) est la convention qui définit cette organisation. Pensez-y comme le plan d’un immeuble de bureaux : chaque étage a une fonction précise (accueil, archives, bureaux, local technique). Si vous connaissez le plan, vous trouvez immédiatement ce que vous cherchez.

Ce que vous allez apprendre

• Identifier le rôle de chaque zone fonctionnelle de l’arborescence (/etc/, /var/, /usr/, /run/…)
• Savoir où chercher configuration, journaux, binaires et données d’exécution
• Distinguer les particularités entre distributions (Debian/Ubuntu, RHEL/Rocky, Alpine)
• Diagnostiquer un problème en ciblant le bon répertoire
• Éviter les erreurs classiques de placement de fichiers

Complémentaire au guide Notions fondamentales

Le guide Notions fondamentales Linux présente le FHS en vue d’ensemble (FileTree annotée, 3 réflexes d’admin, mini-lab). Ici, on descend dans le détail de chaque zone, avec les commandes de vérification et les cas concrets d’administration.

Le réflexe admin : où chercher ?

Avant d’entrer dans le détail, voici la table de décision qu’un administrateur utilise au quotidien :

Vous cherchez…	Regardez dans…	Commande rapide
La configuration d’un service	/etc/	ls /etc/<service>/
Les journaux d’un service	/var/log/ ou journalctl	journalctl -xeu <service>
Un binaire ou une commande	/usr/bin/, /usr/sbin/	which <commande>
L’état d’exécution (PID, socket)	/run/	ls /run/<service>/
Les données persistantes d’un service	/var/lib/	ls /var/lib/<service>/
Un fichier temporaire	/tmp/ ou /var/tmp/	ls /tmp/
Les fichiers d’un utilisateur	/home/<utilisateur>/	ls -la /home/<user>/
Les fichiers de démarrage	/boot/	ls /boot/
Un périphérique (disque, partition)	/dev/	lsblk

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Zone par zone : le détail du FHS

/etc/ — la configuration du système

C’est le répertoire le plus consulté par un administrateur. Chaque service installé y dépose sa configuration sous forme de fichiers texte éditables.

Sous-répertoires courants :

Chemin	Contenu
/etc/ssh/	Configuration du serveur et du client SSH (sshd_config, clés host)
/etc/systemd/	Surcharges locales des unités systemd
/etc/apt/ ou /etc/yum.repos.d/	Sources de paquets (Debian/Ubuntu ou RHEL/Rocky)
/etc/netplan/ ou /etc/NetworkManager/	Configuration réseau persistante
/etc/fstab	Table des montages persistants
/etc/passwd, /etc/shadow, /etc/group	Comptes utilisateurs et groupes
/etc/sudoers, /etc/sudoers.d/	Règles de délégation de privilèges
/etc/logrotate.d/	Règles de rotation des journaux
/etc/crontab, /etc/cron.d/	Tâches planifiées système

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# Lister les sous-répertoires de /etc pour voir les services configurés
ls -d /etc/*/

Règle d'or

Ne modifiez jamais un fichier directement dans /usr/lib/systemd/ ou /usr/share/. Copiez-le dans /etc/ (ex : /etc/systemd/system/) pour créer une surcharge locale qui survivra aux mises à jour.

Guides associés : Utilisateurs et groupes, sudo, Montage persistant, systemd.

/var/ — les données variables

/var/ stocke tout ce qui change au fil du temps : journaux, caches, files d’attente, bases de données de services.

Chemin	Contenu	Pourquoi c’est important
/var/log/	Journaux système et applicatifs	Premier endroit à consulter lors d’un incident
/var/lib/	État persistant des services (BDD, paquets)	Ne pas supprimer sans comprendre
/var/cache/	Caches des gestionnaires de paquets	Nettoyable pour récupérer de l’espace
/var/spool/	Files d’attente (impression, mail, cron)	Rarement modifié manuellement
/var/tmp/	Fichiers temporaires persistants entre reboots	Plus durable que /tmp/

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Focus : /var/log/ — les journaux

C’est la mine d’or du diagnostic. Le contenu varie selon la distribution :

Debian / Ubuntu

Fichier	Contenu
/var/log/syslog	Messages système généraux
/var/log/auth.log	Connexions, authentification, sudo
/var/log/dpkg.log	Installations et mises à jour APT
/var/log/kern.log	Messages du noyau
/var/log/apache2/	Logs Apache (si installé)

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RHEL / Rocky / Fedora

Fichier	Contenu
/var/log/messages	Messages système généraux
/var/log/secure	Connexions, authentification, sudo
/var/log/dnf.log	Installations et mises à jour DNF
/var/log/boot.log	Messages de démarrage
/var/log/httpd/	Logs Apache (si installé)

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/var peut remplir un disque

Sur un serveur en production, /var/log/ peut croître rapidement. Si /var/ est sur la même partition que /, le système entier peut se bloquer. C’est pourquoi en production, on place souvent /var/ sur une partition séparée. Surveillez avec df -h /var.

# Voir l'espace occupé par les journaux
du -sh /var/log/

# Vérifier l'espace restant sur la partition
df -h /var

# Lire les dernières entrées du journal système
journalctl -n 50 --no-pager

Guides associés : Journaux avec journalctl, Rotation avec logrotate, Contrôler l’espace disque.

/usr/ — binaires, bibliothèques et documentation

/usr/ contient la majorité des programmes et bibliothèques installés par le gestionnaire de paquets. C’est le cœur applicatif du système.

Chemin	Contenu
/usr/bin/	Commandes utilisateur (ls, grep, systemctl, vim…)
/usr/sbin/	Commandes d’administration (fdisk, useradd, iptables…)
/usr/lib/	Bibliothèques partagées (.so) et fichiers de support
/usr/lib/systemd/	Unités systemd fournies par les paquets (ne pas modifier ici)
/usr/share/	Documentation, fichiers indépendants de l’architecture
/usr/local/	Logiciels installés manuellement (hors gestionnaire de paquets)

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/bin et /sbin : la fusion usr-merge

Historiquement, /bin/ et /sbin/ étaient des répertoires séparés pour les binaires essentiels au boot. Sur les distributions modernes (Debian 12+, Ubuntu 22.04+, RHEL 9+, Fedora, Arch), ces chemins sont devenus des liens symboliques vers /usr/bin/ et /usr/sbin/. C’est le usr-merge. En pratique, ls /bin et ls /usr/bin affichent le même contenu.

# Vérifier que /bin est bien un lien vers /usr/bin
ls -ld /bin /sbin

# Trouver où se situe une commande
which systemctl
type -a ls

# Voir les bibliothèques utilisées par un programme
ldd /usr/bin/ls

/opt/ et /usr/local/ : logiciels hors paquets

Ces deux répertoires servent aux logiciels installés en dehors du gestionnaire de paquets, mais avec des conventions différentes :

Répertoire	Usage	Exemple
/opt/<éditeur>/	Application tierce complète, auto-contenue	/opt/google/chrome/, /opt/jetbrains/
/usr/local/bin/	Binaire compilé ou téléchargé manuellement	Script maison, outil Go/Rust compilé

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Guide associé : Gérer les paquets.

/run/, /proc/, /sys/ — données d’exécution volatiles

Ces trois répertoires ne sont pas sur disque. Leur contenu est généré dynamiquement par le noyau et disparaît au reboot.

Répertoire	Support	Contenu
/run/	tmpfs	PID files, sockets, verrous, état runtime des services
/proc/	procfs	Vue virtuelle sur les processus et le noyau
/sys/	sysfs	Vue virtuelle sur le matériel et les pilotes

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# Voir le PID d'un service via /run
cat /run/sshd.pid 2>/dev/null || echo "Fichier PID absent (service arrêté ou géré par systemd)"

# Lire des informations sur le CPU via /proc
cat /proc/cpuinfo | head -20

# Voir la mémoire totale
cat /proc/meminfo | grep MemTotal

# Lire un paramètre noyau via /sys
cat /sys/block/sda/queue/scheduler 2>/dev/null

Ne jamais sauvegarder /proc et /sys

Ces pseudo-systèmes de fichiers sont virtuels. Les inclure dans un tar ou un rsync de la racine provoquera des erreurs ou des boucles infinies. Excluez-les toujours de vos sauvegardes.

Guide associé : Gérer les processus.

/home/, /root/, /srv/ — données utilisateur et services

Répertoire	Propriétaire	Contenu
/home/<user>/	L’utilisateur	Fichiers personnels, config locale (~/.bashrc, ~/.ssh/)
/root/	root	Le home de root (ne pas confondre avec /)
/srv/	Services	Données servies par la machine (sites web, dépôts, partages)

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# Voir l'espace occupé par chaque utilisateur
du -sh /home/*/

# Vérifier les droits du home de root
ls -ld /root/

Bonne pratique : séparer /home sur une partition

Sur un serveur multi-utilisateurs, monter /home/ sur une partition séparée permet de réinstaller le système sans perdre les données utilisateur.

Guide associé : Utilisateurs et groupes.

/dev/, /mnt/, /media/ — périphériques et montage

Répertoire	Contenu
/dev/	Fichiers spéciaux représentant les périphériques (disques, terminaux, null, random)
/mnt/	Point de montage temporaire pour l’administrateur
/media/	Point de montage automatique pour les supports amovibles (USB, CD)

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Fichiers /dev/ courants :

Périphérique	Représente
/dev/sda, /dev/sdb	Disques SATA/SAS
/dev/nvme0n1	Disque NVMe
/dev/vda	Disque virtio (VM KVM)
/dev/null	Puits sans fond (redirigez-y ce que vous voulez ignorer)
/dev/zero	Source infinie de zéros
/dev/random, /dev/urandom	Générateurs de nombres aléatoires
/dev/tty*, /dev/pts/*	Terminaux

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# Lister les disques et partitions
lsblk

# Voir les périphériques bloc disponibles
ls -l /dev/sd* /dev/nvme* /dev/vd* 2>/dev/null

Guides associés : Vue d’ensemble du stockage, Identifier les disques, Montage persistant.

/boot/ — fichiers de démarrage

/boot/ contient le noyau Linux, l’initramfs et la configuration du chargeur de démarrage. C’est un répertoire critique — une modification maladroite peut empêcher le système de démarrer.

Fichier	Rôle
vmlinuz-*	Noyau Linux compressé
initrd.img-* / initramfs-*	Image du système de fichiers initial (pilotes, LVM, chiffrement)
grub/	Configuration du chargeur GRUB2
config-*	Options de compilation du noyau
System.map-*	Table des symboles du noyau (debug)

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# Voir les noyaux installés
ls -lh /boot/vmlinuz-*

# Voir l'espace occupé par /boot
df -h /boot

Ne purgez pas /boot à la légère

Si /boot est plein (souvent sur des systèmes avec une petite partition /boot), ne supprimez que les anciens noyaux via le gestionnaire de paquets (apt autoremove ou dnf remove), jamais avec rm directement.

Guide associé : Démarrage et reboot.

/tmp/ et /var/tmp/ — fichiers temporaires

Répertoire	Durée de vie	Nettoyage
/tmp/	Jusqu’au prochain reboot (souvent tmpfs en RAM)	Automatique au reboot, ou par systemd-tmpfiles
/var/tmp/	Persistant entre reboots	Nettoyé périodiquement (30 jours par défaut)

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# Vérifier si /tmp est en RAM (tmpfs)
df -Th /tmp

# Voir les fichiers temporaires les plus volumineux
du -sh /tmp/* 2>/dev/null | sort -rh | head -10

Scripts et fichiers temporaires

Pour un script, utilisez mktemp plutôt que de créer manuellement un fichier dans /tmp/. Cela évite les collisions de noms et les problèmes de sécurité (attaque par lien symbolique).

Différences entre distributions

Le FHS est un standard, mais chaque famille de distributions a ses particularités :

Aspect	Debian / Ubuntu	RHEL / Rocky / Fedora	Alpine
Journal système	/var/log/syslog	/var/log/messages	/var/log/messages
Logs d’authentification	/var/log/auth.log	/var/log/secure	/var/log/messages
Logs paquets	/var/log/dpkg.log	/var/log/dnf.log	—
Config réseau	/etc/netplan/	/etc/NetworkManager/	/etc/network/
Config paquets	/etc/apt/	/etc/yum.repos.d/	/etc/apk/
Init (PID 1)	systemd	systemd	OpenRC
usr-merge	✅ (Debian 12+)	✅ (RHEL 9+)	❌ (séparé)

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Mini-lab : explorer le FHS sur un système réel

Ces commandes ne modifient rien. Elles vous aident à vérifier votre compréhension.

1. Repérer les zones fonctionnelles

   # Voir les répertoires racine
   ls -ld /etc /var /usr /run /proc /sys /boot /tmp /home /dev /srv /opt

2. Identifier les fichiers de configuration d’un service

   # Exemple avec SSH
   ls -la /etc/ssh/
   cat /etc/ssh/sshd_config | head -30

3. Trouver où un service stocke ses données

   # Données persistantes
   ls /var/lib/ | head -20
   
   # Journaux
   ls /var/log/ | head -20

4. Vérifier les systèmes de fichiers virtuels

   # /proc et /sys ne sont pas sur disque
   df -Th /proc /sys /run /tmp

5. Confirmer le usr-merge

   # Sur une distribution moderne, /bin est un lien
   ls -ld /bin /sbin /lib

Dépannage

Symptôme	Cause probable	Solution
No space left on device sur /var	Journaux ou caches trop volumineux	du -sh /var/log/* | sort -rh, puis journalctl --vacuum-size=500M ou apt clean
Fichier de config modifié mais pas pris en compte	Édité dans /usr/lib/systemd/ au lieu de /etc/systemd/system/	Créer une surcharge dans /etc/ et relancer systemctl daemon-reload
Commande introuvable après installation manuelle	Binaire placé hors du PATH	Déplacer vers /usr/local/bin/ ou ajouter le chemin au PATH
/boot plein, impossible de mettre à jour le noyau	Anciens noyaux non purgés	apt autoremove (Debian) ou dnf remove --oldinstallonly (RHEL)
Fichier temporaire disparu après reboot	Placé dans /tmp/ (tmpfs, vidé au reboot)	Utiliser /var/tmp/ pour les fichiers qui doivent survivre au reboot
Permission denied sur un fichier dans /run/	Fichier PID/socket appartenant à un autre service	Vérifier le propriétaire avec ls -la /run/<fichier> — ne pas modifier les droits manuellement

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À retenir

• Le FHS organise Linux en zones fonctionnelles : /etc/ pour la configuration, /var/ pour les données variables, /usr/ pour les binaires, /run/ pour l’exécution volatile.
• Trois réflexes d’administration : config → /etc/, problème → /var/log/ ou journalctl, runtime → /run/.
• Ne modifiez jamais les fichiers dans /usr/lib/ : créez une surcharge dans /etc/.
• /proc/, /sys/ et /run/ sont virtuels — ne les incluez pas dans vos sauvegardes.
• /tmp/ est vidé au reboot. Utilisez /var/tmp/ pour les fichiers temporaires persistants.
• Les journaux système varient selon la distribution : syslog et auth.log sur Debian/Ubuntu, messages et secure sur RHEL/Rocky.

Prochaines étapes

Naviguer et gérer des fichiers Se déplacer dans l'arborescence, créer, copier et supprimer des fichiers.

Vue d'ensemble du stockage Linux Blocs, systèmes de fichiers, LVM et montage — le panorama complet.

Lire les journaux avec journalctl Diagnostiquer un service en explorant les journaux système.

Monter un FS et le rendre persistant Comprendre /etc/fstab et rendre les montages durables.

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